Он не верил в успех экономической политики Советского Союза, одним из первых предсказал и теоретически обосновал крах "реального социализма" и возвращение СССР капитализму. К 1965 году о своих разногласиях с советским руководством (особенно с его политикой по отношению к развивающимся странам) Че Гевара уже говорил публично.

В 1965 году он отказался от кубинского гражданства и исчез из общественной жизни. Его видели в нескольких африканских странах, где он готовил почву для революционных выступлений.

В апреле 1967 года Че со своим отрядом оказался в Боливии, где поддержал вооруженное выступление шахтеров. Огонь революционной борьбы он намеревался перекинуть в Аргентину и Перу.

Однако 8 октября Гевара был ранен и захвачен в плен спецназом боливийской армии. На следующий день после допроса его расстреляли в деревушке Хигуэра. Многие признают, что на фотографии, облетевшей весь мир, где он лежит в школе на столе окруженный боливийскими военными, ни один мертвый не был так похож на Христа, как Че.

Лишь в июне 1997 году удалось найти его могилу на взлетно-посадочной полосе аэродрома. Останки Че Гевары были перезахоронены в мавзолее города Санта-Клара на Кубе.